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七年制課程 (98-101學年入學專用)
 馬偕醫學院醫學系臨床及基礎醫學課程設計以核心臨床問題 (core clinical problems) 為課程之主軸而規劃，並且採系統整合基礎及臨床課程。本系七年的課程，至少需修畢294.3學分，主要分為下列三個階段：
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一、二年級：全人及醫預教育 |
引導學生發展正向的人生價值觀，發揮馬偕精神，成為承擔醫療責任的社會知識分子。同時培養學生自我發現並解決問題的能力，加強學生語文能力，為個人及專業訓練建立基礎。
全人教育方面，包含有核心通識及學群通識：核心通識為學校所有科系必修課程，科目包含：馬偕講座--生命意義學、服務學習、國文、英文及醫療資訊。學群通識方面，包含有五大領域：社會科學領域、人文藝術領域、自然科學領域、醫學人文領域及語言領域。
醫預教育方面，在一、二年級整合連貫基礎科學領域課程，包含微積分、物理學暨實驗、普通化學(含分析化學)、有機化學、化學實驗、生物化學及實驗、普通生物學及實驗、機率與邏輯、醫療資訊學及生物統計學等。此外，提供選修體驗基礎及臨床研究工作之機會：由醫學系提供經費及名額，學生於暑假可選修到基礎及臨床教師研究室參與研究工作。 |
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三、四年級：整合性基礎醫學教育 |
三年級以正常人的大體構造、功能及行為為主要內容而整合的課程。
三年級主要為臨床基礎醫學之各科目，包含有四大部份：1. 人體構造與發展：大體解剖學及實驗、神經解剖學及實驗、組織學及實驗、胚胎學。2. 人體功能：生理學及實驗。3. 致病機制：病理學。4.致病原與防衛系統：免疫學/微生物學及實驗、寄生蟲學及實驗、藥理學及實驗。上述科目以器官系統分為多個模組，包括Introduction to Human Structure（3週）、Musculoskeletal System（3週）、Pulmonary System （1.5週）、Cardiovascular System（3週）、Gastrointestinal System（2週）、Fluid, Electrolytes, Renal and Genitourinary System（2週）、Host defense (Blood & Immune) （5.5週）、Reproduction System及 Growth & Development （4週）Endocrine and Metabolism（3.5週）、Brain & Behaviors（4週）。部分系統每學期配合整合課程之PBL教案。此外亦規劃獨立授課之課目，包括：醫院及社區志工服務、生死學。 |
四年級則是以異常及病變的人體構造、功能及行為加上臨床知識及技能為課程內容。
四年級包含各臨床學科、臨床診斷學、實驗診斷學、影像診斷醫學、藥理學及實驗等。上述科目以器官系統分為多個模組，包括Introduction to Clinical Medicine（1週）、Cardiovascular System（3週）、Pulmonary System （2週）、Endocrine and Metabolism（2週）、Gastrointestinal System（3週）、Brain & Behaviors（5週）、Musculoskeletal System（4週）、Integument System（1週）、Host defense and Infection（4週）、Fluid, Electrolytes, Renal and Genitourinary System（4週）、Hematology and Oncology（4週）。大部分系統每學期配合整合課程之PBL教案。此外，亦規劃獨立授課之課目，包括：牙醫學概論、法醫學及社區醫學。
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五至七年級：臨床醫學教育 |
以模擬訓練，實地體察，任務導向學習，及寓教學於評估等教學方式，教育學生成為一個具備基本核心能力的醫師。
五年級臨床醫學教育包含有臨床溝通技巧、醫學倫理學、醫事法律、婦產科學、小兒科學、眼科學、耳鼻喉科學、急診醫學、麻醉學、職前臨床技能訓練。實習訓練則包含有內科基礎實習訓練10週、外科基礎實習訓練10週、婦科基礎實習訓練5週、兒科基礎實習訓練5週。
六年級實習訓練則包含以下各次專科各2週：耳鼻喉科實習、神經科實習、泌尿科實習、骨科實習、家庭醫學科實習、急診醫學科實習、放射線科實習、內分泌科實習/感染科實習(二擇一)、麻醉科實習/復健醫學科實習(二擇一)、皮膚科暨過敏免疫風濕科實習、腫瘤暨血液科實習。另，精神科暨安寧共照實習4週及校內外多元實習8週。
七年級實習訓練則包含有內科臨床實習3個月、外科臨床實習3個月、小兒科臨床實習1.5個月、婦產科臨床實習1.5個月、其它科臨床實習3個月(其中可自選國內醫學中心實習1個月)及ACLS 訓練。
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