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六年制課程 (112學年起入學專用)
 馬偕醫學院醫學系臨床及基礎醫學課程設計以核心臨床問題 (core clinical problems) 為課程之主軸而規劃，並且採系統整合基礎及臨床課程。自102學年起本系六年制的課程，主要分為下列三個階段：
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一、二年級：通識教育、醫學系基礎教育 |
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引導學生發展正向的人生價值觀，發揮馬偕精神，成為承擔醫療責任的社會知識分子。同時培養學生自我發現並解決問題的能力，加強學生語文能力，為個人及專業訓練建立基礎。
全人教育方面，包含有核心通識及學群通識：核心通識為學校所有科系必修課程，科目包含：馬偕講座--生命意義學、服務教育、中文閱讀與思辨、中文閱讀與寫作、英文及醫療資訊。學群通識方面，包含有五大領域：社會科學領域、人文藝術領域、自然科學領域、醫學人文領域及語言領域。
醫預教育方面，在一、二年級整合連貫基礎科學領域課程，包含微積分、普通物理學、化學(含分析化學)及實驗、有機化學及實驗、生物化學及實驗、普通生物學及實驗、邏輯、數位醫療概論及生物統計學等，並預先修習組織學及實驗、胚胎學及人體結構學。此外，提供選修體驗基礎及臨床研究工作之機會：由醫學系提供經費及名額，學生於暑假可選修到基礎及臨床教師研究室參與研究工作。
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三、四年級：整合性基礎醫學教育 |
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三年級以正常人的大體構造、功能及行為為主要內容而整合的課程。
三年級課程主要為基礎醫學之各科目，包含有四大部份：1.人體構造與發展：實地解剖學、神經解剖學及實驗。2.人體功能：生理學及實驗。3.致病機制：病理學。4.致病原與防衛系統：免疫學/微生物學及實驗、藥理學及實驗。上述科目以器官系統分為多個模組，包括人體生理學和病理學導論、宿主防禦：免疫學及病毒學、心血管系統、骨骼肌肉和肺部系統、宿主防禦（II）：細菌學、泌尿系統、生殖和內分泌系統、消化系統、大腦與行為。
PBL教案配合整合模組課程。此外亦規劃獨立授課之課目，包括：醫學人文及生死學。
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四年級則是以異常及病變的人體構造、功能及行為加上臨床知識及技能為課程內容。
四年級包含各臨床學科、臨床診斷學、實驗診斷學、影像診斷醫學等。上述科目以器官系統分為多個模組，包括臨床醫學概論、心血管系統、肺部系統、內分泌與新陳代謝、消化道系統、大腦與行為、肌肉骨骼系統、皮膚系統、宿主防禦與感染、體液、電解質、腎臟及泌尿生殖系統、血液學與腫瘤學。大部分系統每學期配合整合課程之PBL教案。此外，亦規劃獨立授課之課目，包括：病歷書寫(一) 、轉譯醫學、口腔醫學概論、法醫學及社區醫學。
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五至六年級：臨床醫學教育 |
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以模擬訓練，實地體察，任務導向學習，及寓教學於評估等教學方式，教育學生成為一個具備基本核心能力的醫師。
五年級臨床醫學教育包含有婦產科學、小兒科學、病歷書寫(二)、實證健康照護、職前臨床技能訓練、眼科學、耳鼻喉科學、麻醉學、醫學倫理與法律。實習訓練則包含有核心實習訓練(一)：內科12週、核心實習訓練(一)：外科12週、核心實習訓練(小兒科) 5週、核心實習訓練(婦產科) 5週、社區暨家庭醫學科實習2週。
六年級實習訓練則包含有核心實習訓練(二)：內科6週、核心實習訓練(二)：外科6週、眼科實習2週、耳鼻喉科實習2週、皮膚科暨過敏免疫風濕科實習2週、急診醫學科實習2週、復健醫學科實習2週、麻醉科實習2週、放射線科實習2週、偏遠地區醫療2週、神經內外科實習4週、腫瘤暨血液科實習4週、精神科暨安寧共照實習4週、校內外多元實習8週。
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