馬偕醫學院圖書館現有圖書與期刊資料如下：

圖書

本校圖書館將與馬偕紀念醫院圖書館進行館際合作，透過共同系統及資訊平台，分享圖書及資訊。目前，本校已規劃設立圖書館，第二期教學大樓、行政大樓、學生宿舍、體育館等空間規劃與施工預計在101學年度完成，現階段暫時以教學大樓為館藏所在地。此外，除硬體設備外，亦會逐年增加圖書及期刊（尤其是電子期刊）之採購，以擴充軟體資源。

設備儀器

　　馬偕醫學院設立於風景秀麗的三芝校區，以書院式教學環境提供學生優良的學習及生活環境，都為了培育具有醫療專業、愛心、樂群及犧牲奉獻精神的優秀醫療人員。
　　本校第二期校舍新建工程已於2012年底完工，目前擁有全人教育科目教室2間(馬偕講堂、夢分子教室)。基礎科目實驗教室間、醫學院階梯教室(可容納200人)與醫學院其他系所共用（包含生物、普通化學、解剖、生理、微生物、藥理、病理等7科）。國際會議廳(可容納204人)、遠距暨示範教學中心(可容納60人)、8間普通教室、大體解剖室、標本展示室、醫學系教師研究室。另外還有350坪之圖書館及閱覽室空間，提供學生查閱、借用書籍資料優良圖書環境。
　　醫學系行政辦公室（含主任辦公室），醫學系會議室共4間，醫學系教師研究室32間，醫學系小型討論室共8間。以上空間除學系行政辦公室及教師研究室外，均有視聽設備並建置完備與人性化的網路環境（含無線）。
　　宿舍群共有4幢，分別為第一期宿舍區A、B棟及第二期宿舍區C、D棟，房間每間4人(全部總共可容納688個床位)，房間內具備有書桌、床舖、衣櫥及電腦網路我們提供家庭式生活環境使同學間能培養互助信任情感等。生活設施上，有福利社、數位生活城、學生餐廳等便利環境。
　　活動中心新增的空間有室內多功能運動場、300公尺室內PU跑道、可容納601人的展演廳、16間社團辦公室、韻律教室、體適能室及7間普通教室，另外還有2座戶外籃球場、網球場、戶外操場及真愛森林提供學生放鬆、鍛鍊體格、休閒育樂環境。
　　此外，馬偕紀念醫院已斥資30億興建淡水院區全新醫療大樓，特別針對教學，設計診間及相關設施，並設立多間討論室，以符合PBL教學需求。為配合鑑別學生及實習醫師實習成效，以及提升臨床教學的品質與效益，目前臨床技能訓練中心已搬遷至淡水院區，可使用空間約150坪以上，各項優良設備已完成並可使用。此外，2011年8月底已有12間最新穎之OSCE訓練教室(含6間討論教室)落成使用，加入教學的行列。
　　儀器方面，一般學生實驗用儀器外，如pH meter、顯微鏡、hot plate、PCR、電泳膠系統、高效能液相層析儀及各式光譜儀等；我們也針對教師專業研究之需求，在未來採購貴重儀器，如電子顯微鏡、雷射掃描共軛焦顯微鏡、串聯式質譜分析儀、高效能液相層析儀等。