[外框]

外框為八角形對應到馬偕醫學院校園建築特色–「八角樓」。

[配色]

主要顏色為黑色，讓此系徽像是從石頭鏤刻出來的，展現其霸氣與莊嚴。黑白對比及醫療的紅十字，象徵著馬偕醫學系畢業的醫師身著白袍，堅守崗位，如同暗夜中的紅十字，總是能給人安心可靠的感覺。

[意象與象徵]

主軸意象為五片花瓣的櫻花，將每片花瓣與以下的意義結合，轉化為不同的形態，中間穿插著象徵醫療的標誌-「Asclepius 之杖」，並將原本纏繞其上的蛇 改為象徵醫師的工具–「聽診器」。

「我們」

最上面的聽診器代表我們自己，其中的紅十字除了代表著醫療，也對應到馬偕紀念醫院的院徽，象徵延續馬偕牧師、長老教會體系下的馬偕醫學院。 「天」：左上角是翅膀，為另一種象徵醫療的標誌–「Hermes 之杖」上面的配件。在古希臘神話中，Hermes 是負責神與人間往返的信差，象徵著我們知天而敬天，敬天然後能愛人，同時呼應馬偕的校訓。 「地」：右下角是櫻花花瓣，三支花蕊象徵著我們學校的所在地-「三芝」，櫻花亦為三芝區的代表花，坐落三芝的馬偕醫學系在此辦學，亦不忘在地深耕。 「人」：右上角是火焰，對應馬偕博士的格言：「寧願燒盡，不願銹壞」。馬偕醫學系學生延續這樣的精神，能在醫療奉獻的道路上，燃燒自己、照亮他人。 「心」：左下角是心臟切面圖，聽診器的聽頭連接到此處，除了表面象徵醫師聆聽病人的心音找出病灶，更期許學生未來成為醫師時，不僅擁有高明的技術， 也能「聆聽病人的心聲」。
此系徽設計，遠看像一朵飽滿的「櫻花」，也像一隻「蝴蝶」展開雙翼，象徵著 馬偕醫學系的學生們經過了千辛萬苦、沒日沒夜地埋首苦讀，含苞待放、蟄伏於蝶蛹之中，終有一天能破繭而出，將所知所學綻放在有需要的地方，幫助千千萬萬的人們。